Der dreistufige Prüfprozess führt unterschiedliche Wirtschaftsauskünfte zusammen. Das wichtigste Kriterium ist hierbei der Bonitätsindex auf einer Skala von 100 bis 600. Bewertet werden das Unternehmensrisiko sowie die fristgerechte und vollständige Zahlungspflicht. Bestanden haben Unternehmen, wenn sie einen Score zwischen 100 und 249 erreichen. Im nächsten Schritt werden die Jahresabschlüsse geprüft. Das „CrefoZert“ wird nur verliehen, wenn die Firma mindestens drei Jahre wirtschaftsaktiv ist und zwei vollständige Bilanzjahre lückenlos nachweisen kann. Letzte Hürde ist eine Prüfung vor Ort im Unternehmen. Durch eine intensive Befragung werden die aktuelle Unternehmenssituation und die Zukunftsperspektiven erörtert.

Das Zertifikat wird immer nur für die Laufzeit von einem Jahr ausgestellt. Danach müssen die Unternehmen erneut die Zertifizierung durchlaufen. Rund sechs von zehn Unternehmen scheitern an den hohen Anforderungen des beschriebenen Zertifizierungsprozesses.