Aus hygienischen Gründen sollte der Matratzenbezug ab und zu gereinigt werden. Am einfachsten ist die Pflege abnehmbarer, waschbarer Bezüge. Dabei sind die Hinweise im Pflegeetikett entscheidend. So verlangt das Symbol „Pflegeleicht“ (siehe Grafik) eine mechanisch schonende Behandlung wie Pflegeleicht- oder Schonwaschprogramm mit nur halb voller Waschtrommel, erhöhtem Wasserstand und schonendem Schleudern. Eine noch sanftere Behandlung bedeutet das Symbol „Feinwäsche“: also Woll- oder Schonwaschgang mit nur zu einem Drittel voller Waschtrommel, erhöhtem Wasserstand und stark reduzierter Bewegung, Wollschleudern oder ohne Schleudern. Das Symbol „Trommeltrocknen schonend“ verlangt die Trocknung mit reduzierter Temperatur. Kann der Bezug zwar abgenommen, aber nicht gewaschen werden – wie z. B. bei mit Schafschurwolle untersteppten Bezügen – kann das Material durch einfaches Lüften regeneriert werden. Bei Wolle unterstützt dies deren Selbstreinigungskraft.

Bei nicht abnehmbaren Bezügen können Flecken von Hand und unter Verwendung eines schonenden Fein- oder Wollwaschmittels angelöst und anschließend mit klarem Wasser ausgespült werden. Bei der Fleckentfernung kann auch eine Mischung aus Essig und Zitronensaft (im Verhältnis 1 : 1) helfen: Auf den Fleck geben, nach kurzer Einwirkzeit die Stelle betupfen bzw. leicht reiben und danach mit klarem Wasser gut auswaschen. Beim Einsatz von Gall- oder Kernseife den Fleck länger befeuchten und anschließend mit lauwarmer Seifenlauge auswaschen.

Grundsätzlich gilt aber: Lieber lüften als waschen oder reinigen. Denn jede Wäsche und jeder Reinigungsvorgang strapaziert die Fasern. Am besten wird der Matratzenbezug durch eine Auflage wie z. B. Baumwollmolton vor Verschmutzungen geschützt. Diese lässt sich unkompliziert waschen und trocknet schnell. Alternativ zur Matratzenauflage können auch waschbare Unterbetten – am besten aus pflanzlichen Fasern – zum Einsatz kommen.