Nachdem die konfessionsgebundenen Rotenburger Anstalten Ende September 1941 auf Weisung des Reichsverteidigungs-Kommissars aufgelöst wurden, müssen die Patientinnen und Patienten innerhalb kürzester Zeit in andere Heil- und Pflegeanstalten verlegt werden. In den ersten Oktobertagen 1941 führten vier Transporte nach Bayern, davon zwei nach Günzburg und zwei in die Heil- und Pflegeanstalt Kaufbeuren-Irsee. Insgesamt umfassten die vier Transporte 231 Frauen und Männer.

Zu den Verlegten gehörte auch Ella Banehr. Sie fand zunächst in Günzburg Aufnahme. Als Ende 1943 auch diese Einrichtung kriegsbedingt geräumt werden musste, wurde sie am 16. November nach Kaufbeuren und am 3. Dezember 1943 in die Zweigstelle Irsee weiterverlegt. Dort starb Ella Banehr laut Eintrag im „Irseer Totenbuch“ am 2. Mai 1944 – mutmaßlich ermordet durch die Krankenschwester Pauline Kneissler, wie eine Zeugenvernehmung im Augsburger Strafprozess über die NS-„Euthanasie“-Verbrechen im Juli 1949 nahelegt. Beigesetzt wurde Frau Banehr auf dem Anstaltsfriedhof neben der Klosterkirche. Ihre Grabstelle ist im Friedhofsbuch unter der Nummer 23 (Abteilung I, Reihe I) vermerkt.

Der durch Forschungen für das Schwäbische Bildungszentrum Irsee und Publikationen des Bildungswerks des Bayerischen Bezirketags mit den Umständen der Patiententötungen in Kaufbeuren-Irsee bestens vertraute Historiker Dr. Dietmar Schulze (früher Leipzig, heute Schortens bei Wilhelmshaven) nahm Mitte Juni stellvertretend für die beiden Einrichtungen an der Stolperstein-Setzung am letzten Wohnort von Ella Banehr, in Platjenwerbe (eine Ortschaft der Gemeinde Ritterhude im niedersächsischen Landkreis Osterholz) teil. Er informierte den dortigen Stolperstein-Arbeitskreis darüber, dass sich seit 2010 jedes Jahr am 1. November Bürgerinnen und Bürger aus Irsee, Kaufbeuren und ganz Bayerisch-Schwaben versammeln, um auf dem Irseer „Euthanasie“-Friedhof „Lichter gegen das Vergessen“ zu entzünden und damit die 1.218 Opfer der systematischen Vernachlässigung und NS-„Euthanasie“ in der 1972 aufgelösten Anstalt zu ehren. Sie gedenken dabei auch Ella Banehr.