In der intensiven Debatte über die PID in den Jahren 2010 und 2011 hat sich das ZdK für ein Komplettverbot eingesetzt, da die PID eine selektive Methode ist, die im Widerspruch zu der Behindertenrechtskonvention der vereinten Nationen steht. Der Bundestag hat anders entschieden und Ausnahmen vom grundsätzlichen Verbot der PID zugelassen, wenn aufgrund der genetischen Veranlagung der Eltern eine schwerwiegende Erbkrankheit beim Kind oder eine Tot- oder Fehlgeburt wahrscheinlich ist und eine Ethikkommission die PID befürwortet. Diesen Willen des Gesetzgebers respektiert das ZdK.

Wenn nun aber ohne öffentliche Debatte die Finanzierung vergemeinschaftet werden soll, ist das ein völlig unangemessenes Vorgehen. Mit einer per Bundesgesetz angeordneten Kostenübernahme durch die gesetzlichen Krankenkassen würde die PID als eine gewöhnliche medizinische Leistung anerkannt, die sie laut Embryonenschutzgesetz ausdrücklich nicht ist. Im Gesetz kommt das durch eine Gewissensklausel zum Ausdruck, die es Ärzten ausdrücklich erlaubt, nicht an einer PID mitzuwirken.